Lei 1740 de 2014 e a lei de trinta de 1992, do Ministério da Educação da Colômbia. Em 1608, Gaspar Nunes de Figueiredo, em seu testamento, promoveu a fundação do Colégio Santo Tomás de Aquino. Mais tarde, em 1624, fundiu-se este colégio com a universidade de Estudos Gerais.

Durante quase 3 séculos, a faculdade constituiu um considerável centro educacional pelo qual passou uma cota da elite crioula recinto, sobretudo eclesiástica. Em 1861, perante o governo do presidente Tomás Cipriano de Mosquera, da Universidade Santo Tomás, viu fechadas suas portas na segunda vez, ao ser incluída dentro da lei de supressão de comunidades e expropriação dos bens eclesiásticos. Faculdade Santo Tomás pôde quebrar seus cem longos anos de silêncio -que parecia definitivo – e obter, pouco depois, a aprovação canônica. No ano seguinte obteve a aprovação oficial.

Em 1966, em feito solene, o respectivo Presidente da República, Guillermo León Valencia leu o decreto restaurador. Nele reconheceram-se os cursos de Engenharia Civil, Filosofia, Ciências Jurídicas e Políticas, Economia e Administração, como esta de de Filosofia e Ciências Sociais. Em 1973, montou a Seccional de Bucaramanga.

Em 1975, a nação assistiu pela primeira vez a abertura da modalidade de educação a distância. Se lhe deve o colégio Santo Tomás, que começou com o programa de Filosofia e Ciências Religiosas.. Em 1996, foi inaugurada a seccional de Tunja. Em 1998, foi constituída a sede de Medellín, com os programas de arquitetura e engenharia em telecomunicações.

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Em 2007, foi inaugurada a seccional de Villavicencio com as faculdades de Administração de Empresas Agropecuárias, Comércio Exterior e Direito, com 160 alunos provenientes de todas as regiões do Objetivo e departamentos vizinhos. Em 2012, a sede principal Bogotá e a Vuad receberam a acreditação institucional de alta característica por 4 anos .

Em 2014, inicia-se o modo de Acreditação Multicampus, buscando deste jeito a reacreditación das sedes Bogotá e VUAD, além do credenciamento de todas as sedes oficiais da faculdade no estado. Em 2015, serão celebrados os cinquenta anos de reabertura da universidade e dos 435 anos de fundação. Em 2018 é iniciado o recurso de Acreditação Institucional Internacional.